新建模型时，水流程序要在 USGS MODFLOW-96、MODFLOW-2000、MODFLOW-2005、SEAWAT 之间选，运移程序要选 MT3DMS、MT3D99 或 RT3D，选型决定了后续模块里能不能输入密度变化和吸附反应参数。

对多物种运移，MODFLOW 6 的 GWT 也支持多个运移物种共享一套流场。 这在做污染物衰减链反应（比如 PCE→TCE→DCE→VC）时很方便。 以前要分别给每个物种建一个 MT3DMS 模型，再手动耦合反应项；现在在一个运移模型里可以定义多个物种，右键添加新的"运移物种"就行。